Coupes inscannen: Difference between revisions
(Created page with "De te scannen coupes worden via het CPIO ingescand. Het inscannen gebeurt bij de afdeling Pathologie van het UMC. Ongeveer een week na het brengen van de coupes staan deze onl...") |
|||
| (13 intermediate revisions by the same user not shown) | |||
| Line 2: | Line 2: | ||
Het inscannen gebeurt bij de afdeling Pathologie van het UMC. | Het inscannen gebeurt bij de afdeling Pathologie van het UMC. | ||
Ongeveer een week na het brengen van de coupes staan deze online en kunnen ze gebruikt worden. | Ongeveer een week na het brengen van de coupes staan deze online en kunnen ze gebruikt worden. | ||
'''''[[Digitale microscopie|Terug]]''''' naar overzicht. | |||
== Aanleveren coupes == | == Aanleveren coupes == | ||
De coupes graag aanleveren in een doosje, met een | De coupes graag aanleveren bij het CPIO in een doosje. Geef aan op welke vergroting ze moeten worden gescand, en of er in meerdere lagen (Z-stacks) op een aan te geven afstand van elkaar moet worden gescand. | ||
[[ | Daarna is het afwachten tot het bericht dat ze zijn ge-upload en de coupes weer kunnen worden afgehaald. Dit duurt ongeveer een week. | ||
== Verwerking coupes == | |||
Voordat de coupes gescand worden: | |||
# worden de coupes schoongemaakt | |||
# worden ze gefotografeerd om de labels te kunnen gebruiken ter referentie voor de gemaakte scans. | |||
== Scannen van de coupes == | |||
Het inscannen gebeurt bij de afdeling Pathologie van het UMC, met een scanner speciaal aangeschaft voor het scannen van biopties.<br> | |||
De coupes kunnen worden gescand tot een resolutie van 40x (=400x). In speciale gevallen kan ook 100x, maar dan worden de bestanden wel erg groot, dus dan bij voorkeur bij een kleine coupe.<br> | |||
Er kan ook gescand worden in verschillende laagjes (Z-stacks). Hierdoor kun je bij het online bekijken van het preparaat een ervaring krijgen zoals bij een echt preparaat: je kunt scherpstellen op verschillende niveau's in het preparaat. Elke extra laag die gescand wordt maakt het bestand wel weer extra groot, dus graag met beleid gebruiken. <br> | |||
Bij het gebruik van Z-stacks ook aangeven hoeveel micrometer de stacks uit elkaar moeten liggen. | |||
De gescande coupes krijgen een volgnummer met daarin de datum en de tijd waarop is gescand. | |||
== Uploaden van de coupes == | |||
De bestanden staan op een externe harde schijf die het CPIO gebruikt als back-up. | |||
De bestanden worden gecontroleerd (op scherpte etc), en de volgnummers worden op de eerder gemaakte foto bij de afbeeldingen gezet. Op deze manier is altijd het label te koppelen aan het bestand, en is ook duidelijk of alle coupes zijn gescand en waar er dubbelingen zitten. | |||
Vervolgens worden deze bestanden naar de PathXL-server ge-upload in een map die gemaakt is naar aanleiding van de gegevens op het intake-formulier. U wordt toegevoegd aan de geautoriseerde gebruikers van deze map. | |||
== Afhalen coupes == | |||
Als alle bestanden zijn ge-upload krijgt u een bericht dat u de coupes weer kunt ophalen, en ook waar u de coupes kunt vinden in PathXL. | |||
'''''[[Digitale microscopie|Terug]]''''' naar overzicht. | |||
Latest revision as of 11:47, 31 August 2023
De te scannen coupes worden via het CPIO ingescand. Het inscannen gebeurt bij de afdeling Pathologie van het UMC. Ongeveer een week na het brengen van de coupes staan deze online en kunnen ze gebruikt worden.
Terug naar overzicht.
Aanleveren coupes
De coupes graag aanleveren bij het CPIO in een doosje. Geef aan op welke vergroting ze moeten worden gescand, en of er in meerdere lagen (Z-stacks) op een aan te geven afstand van elkaar moet worden gescand.
Daarna is het afwachten tot het bericht dat ze zijn ge-upload en de coupes weer kunnen worden afgehaald. Dit duurt ongeveer een week.
Verwerking coupes
Voordat de coupes gescand worden:
- worden de coupes schoongemaakt
- worden ze gefotografeerd om de labels te kunnen gebruiken ter referentie voor de gemaakte scans.
Scannen van de coupes
Het inscannen gebeurt bij de afdeling Pathologie van het UMC, met een scanner speciaal aangeschaft voor het scannen van biopties.
De coupes kunnen worden gescand tot een resolutie van 40x (=400x). In speciale gevallen kan ook 100x, maar dan worden de bestanden wel erg groot, dus dan bij voorkeur bij een kleine coupe.
Er kan ook gescand worden in verschillende laagjes (Z-stacks). Hierdoor kun je bij het online bekijken van het preparaat een ervaring krijgen zoals bij een echt preparaat: je kunt scherpstellen op verschillende niveau's in het preparaat. Elke extra laag die gescand wordt maakt het bestand wel weer extra groot, dus graag met beleid gebruiken.
Bij het gebruik van Z-stacks ook aangeven hoeveel micrometer de stacks uit elkaar moeten liggen.
De gescande coupes krijgen een volgnummer met daarin de datum en de tijd waarop is gescand.
Uploaden van de coupes
De bestanden staan op een externe harde schijf die het CPIO gebruikt als back-up. De bestanden worden gecontroleerd (op scherpte etc), en de volgnummers worden op de eerder gemaakte foto bij de afbeeldingen gezet. Op deze manier is altijd het label te koppelen aan het bestand, en is ook duidelijk of alle coupes zijn gescand en waar er dubbelingen zitten. Vervolgens worden deze bestanden naar de PathXL-server ge-upload in een map die gemaakt is naar aanleiding van de gegevens op het intake-formulier. U wordt toegevoegd aan de geautoriseerde gebruikers van deze map.
Afhalen coupes
Als alle bestanden zijn ge-upload krijgt u een bericht dat u de coupes weer kunt ophalen, en ook waar u de coupes kunt vinden in PathXL.
Terug naar overzicht.